超算gromac流程
🚀 从登录到在 GPU 节点上运行 GROMACS 分子动力学模拟的完整流程。
🧭 一、总体思路¶
在多瑙超算（LSF 系统）上跑任务的流程是：
登录节点写脚本 → 提交脚本到调度系统 → 系统分配 GPU 节点 → 自动运行任务 → 输出结果文件
不能直接在命令行运行 GROMACS，因为登录节点只用于准备和提交。
🧱 二、运行流程总览（6步）¶
| 步骤 | 操作内容 | 说明 |
|---|---|---|
| ① | 登录登录节点 | 在 [hxsun25@login03 ~]$ |
| ② | 编写作业脚本 .sh | 定义资源、队列、命令等 |
| ③ | 提交任务 | bsub < run_md.sh |
| ④ | 查看任务状态 | bjobs |
| ⑤ | 查看输出日志 | cat run_md.sh.o* |
| ⑥ | 任务结束后下载或继续分析结果 |
🧩 三、GROMACS GPU 任务脚本模板¶
请新建脚本：
然后复制下面的完整内容进去：
#!/bin/bash
#BSUB -J md_run # 作业名称
#BSUB -q gpu # 提交到 gpu 队列
#BSUB -n 8 # 请求 8 个CPU线程
#BSUB -gpu "num=1:mode=exclusive_process" # 申请 1 个GPU
#BSUB -o md_run.o # 标准输出文件
#BSUB -e md_run.e # 错误输出文件
#BSUB -W 48:00 # 预计最大运行时间 48小时
#BSUB -R "rusage[mem=16G]" # 每个节点使用16G内存
# 进入任务工作目录（自动识别提交时的目录）
cd $LS_SUBCWD
# 加载环境模块（根据系统实际环境修改）
module load gromacs/2022.3
# 输出环境信息
echo "Running on host: $(hostname)"
echo "Start time: $(date)"
echo "Using GPU for GROMACS simulation"
# 执行 GROMACS 模拟命令（根据文件修改）
gmx mdrun -s md.tpr -deffnm md_run -ntmpi 1 -ntomp 8 -gpu_id 0
# 结束
echo "End time: $(date)"
保存退出（Esc → :wq → 回车）。
⚙️ 四、提交任务¶
会看到类似：
🔍 五、查看任务状态¶
常见状态：
| 状态 | 含义 |
|---|---|
PEND | 排队中（等待资源） |
RUN | 正在运行 |
DONE | 已完成 |
EXIT | 出错退出 |
📄 六、查看日志结果¶
正常运行时，会看到类似：
Running on host: gpu01
Start time: Wed Oct 15 15:40:00 CST 2025
Using GPU for GROMACS simulation
...
End time: Wed Oct 15 18:20:00 CST 2025
出错时（比如路径或模块问题）会在 .e 文件中记录。
🧠 七、需要准备的输入文件¶
GROMACS 模拟需要你在当前目录下准备：
| 文件 | 说明 |
|---|---|
md.tpr | 由 gmx grompp 生成的输入文件 |
topol.top | 拓扑文件 |
md.mdp | 模拟参数文件 |
conf.gro | 初始结构文件 |
📘 八、任务结束后（结果分析）¶
任务完成后会生成：
然后你可以：
- 用
gmx rms,gmx rmsf,gmx gyrate等命令做分析； - 或生成轨迹文件
用轨迹生成脚本到本地用pymol 可视化。